Non è passata inosservata da parte di Nintendo la possobilità di usare una cartuccia R4 per avviare le iso dei NDS sul 3DS: la casa nipponica ha infatti annunciato che mediante aggiornamenti firmware obbligatori dell anuova console (sia in rete, e sia all'interno dei giochi più nuovi) è possibile, per le console che risulteranno modificate o che avviano software non certificato e originale, il blocco dell'intera console, tanto da divenirne inutilizzabile.

Questo è reso possibile dai log che ogni software rilascia all'interno della memoria del 3DS: in questo modo Nintendo può "verificarne" il contenuto e di cosa abbia girato, anche in precedenza, sul portatile e inibirlo di conseguenza mediante update del firmware successivo. Staremo a vedere.